中华消化学会主任委员、中华内科学会副主任委员、中国抗癌协会副理事长、亚太胃肠病学会常务理事兼奖励委员会主席等学术职务，国家教育部奖励计划特聘教授，先后担任过国内外25家医学杂志的编委、副主编或主编，近20年来先后兼任过北京大学等69所大学的客座教授或名誉教授。2008年在9月中旬结束的亚太地区消化病学会会议上，樊代明院士荣选亚太地区消化病学会常务理事兼国际事务委员会主席，吴开春教授荣选亚太地区消化病学会常务理事兼科技奖励委员会主席。

樊代明同志长期从事消化系疾病的临床工作及基础研究工作，特别是学成归国后以胃癌的基础和临床研究为主攻方向，做出突出成绩：①应用淋巴细胞杂交技术建立多株特异性强、免疫活性高的胃癌单克隆抗体细胞系，并应用现代免疫学方法从胃癌细胞中发现4种新的肿瘤抗原，命名为MGAgs，用以检测人体组织、血液、胃液或腹水中的这类抗原，对胃癌的早期诊断和定性诊断有重要应用价值，受到了国际同行临床应用验证和肯定；②应用细胞工程及免疫学技术加以改进，研制成功10种针对MGAgs的胃癌单抗，其特异性强、灵敏度高。用细胞工程与基因工程技术相结合，研制出胃癌血清学诊断——免疫PCR技术，开创了胃癌特异性血清学诊断的先例，提高了胃癌的血清诊断阳性率，并可检出部分早期胃癌，该项成果获得了国家专利、国家新药证书及生产文号。③率先建立4个胃癌耐药细胞系，从中发现一个新的耐药分子，命名为MGr-Ag，克隆成功其基因序列并被GenBank收录。④发现MGAgs在癌细胞膜上的密度(数量)与局部免疫活性细胞的总数，各亚群的比值及其布态明显相关，且能激发人体明显的抗瘤及抗转移反应。⑤应用基因重组技术建立多种针对胃癌抗原的特异性疫苗，并在胃癌的基础研究中获重大进展，引起国际同行关注。此外，他还首先研制成功针对骨形成蛋白生物活性位点的单克隆抗体，为骨创伤及某些骨病的研究提供了新手段。

先后承担国家863计划、973计划、国家攻关、国家重大支撑、国家自然科学基金等课题，是首批国家优秀中青年人才专项基金及国家杰出青年基金的获得者，首批创新研究群体学术带头人。以第一作者或通讯作者发表论文260余篇，其中在国外杂志发表论文163篇，包括Nature Clinical Practical Oncology、Lancet、Faseb Journal等，最高影响因子达25.8分。

樊代明同志在近30年的医疗、教学、科研、管理工作中，始终勤奋工作，艰苦奋斗，不仅学术造诣深厚，临床经验丰富，科研能力卓越，工作作风严谨，管理能力突出，在学科建设和人才培养上硕果累累。他先后诊断出世界第14例、中国第1例嗜红细胞性淋巴瘤，世界第8例、中国第1例胰管、胆管血管瘘并上消化道频繁出血。他个人多次获得国家和军队的奖励和肯定。其中，1991年获国务院学位委员会“全国做出突出贡献的中国博士学位获得者”；1992年获中国科协“中国青年科技奖”，并光荣当选中共十四大代表；1993年获国家卫生部“全国首届百名医学科技之星称号”；1994年被国家人事部批准为“国家有突出贡献的中青年专家”；1995年入选国家“百千万人才工程”第一层次人选；1996年被国家科委等八部委联合授予“中国青年科学家奖”，并荣获总后勤部首批科技金星；1997年被中组部授予“全国优秀共产党员”称号；1998年获中国科协“求是实用工程奖”；1999年被国家教育部批准为“奖励计划特聘教授”；2000年被国家自然基金委批准为首批创新研究群体学术带头人；2001年当选中国工程院院士；2002年获“全军专业技术重大贡献奖”；2003年获“全国回国人员杰出成就奖”；2006年获总后勤部“伯乐奖”。荣获2010年度陕西省科学技术最高成就奖。2008年，由樊代明带领的研究团队由于在“胃癌恶性表型相关分子群的发现及其序贯预防策略的建立和应用”方面的研究而获得国家科技进步一等奖。

他所在的消化内科是教育部批准的国家重点学科。自樊代明同志担任学科主任以来，学科病床从原来的42床发展到174张，目前已成为国内病房规模最大的消化科。他还积极谋划未来，总面积3.3万平方米、共19层、含10个病区370张病床的消化病大楼已经封顶，今年即将投入使用，届时将成为国际上规模最大的消化病专科医院。消化科所属实验室是总后卫生部批准的全军消化病研究所和全军重点实验室。2004年在樊代明同志率领下，以该实验室为主体并与兄弟学科联合，申报国家重点实验室，经过科技部现场评估最后批准立项建设肿瘤生物学国家重点实验室，成为全军第二个、第四军医大学第一个国家重点实验室，2006年顺利通过验收，挂牌成立。樊代明同志所带领的学术队伍于2001年成为国家自然科学基金委批准的“创新研究群体”（首批全国医学界唯一一个）获资助360万元，并于2004年首届期满后，成绩突出，获延续资助360万元。该群体包括院士1名，“计划”特聘教授3名，国家杰出青年基金获得者4名，有18人先后从美、英、日等国学成归来。自担任研究生导师以来，先后招收和培养博士后5名、博士64名、硕士62名，他培养的研究生有30名已晋升为高级职称，1人获总后十大杰出青年，荣立一等功，18人已成为军医大学或军区总院、中心医院的学科主任或副主任。他所带领的团队还积极参与国内外学术交流，不断提高学术水平，扩大学术影响。仅2005年就先后担任中日交流峰会大会主席和韩国2005亚太消化病周（APDW）分会共同执行主席。2001年以来，组织召开了国际学术会议3次（2001年中欧消化系疾病研讨会、2002年第六届国际消化内镜会议、2004年第三届中日癌症研讨会）。2002年来应全国各地的邀请，由他带领该科6名教授组成的“微创技术讲师团”，足迹踏遍全国25个省市自治区、全军17个不同军兵种医院，举办专题讲座并作现场演示，深受同道欢迎。2009年1月获得中国科学技术一等奖。

2017年6月23日，樊代明获科学中国人2016年度人物之杰出大学校长奖。